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在传统农业模式下，肥料通常被定义为直接为作物提供营养的物质，而不包含植物营养物质。然而，微生物是一个例外，因为许多养分需要在土壤中经过微生物转化才能被作物吸收。现代农业因过度使用化肥，导致土壤中微生物群落受到破坏。因此，在土壤中使用微生物可以帮助恢复土壤的活力，并在特定情况下发挥*。
微生物菌肥具有许多优点，它不仅可以改善土壤结构和培肥地力，还可以增强作物的抗逆性和改善作物质量等。微生物菌肥的使用范围广泛，包括树木、蔬菜、大田作物、经济作物和药材等。
在使用微生物菌肥时，可以采用以下几种方法：
1、拌种播种：将玉米、大豆、花生等大粒种子用适量水淋湿，然后每亩种子使用0.5～1公斤的菌肥（压碎）进行拌匀，*晾干或风干后播种。
2、拌肥多用：每亩可以使用1～2公斤的金宝贝菌肥与化肥、复合肥、有机肥或腐熟农家肥混匀后作为底肥或追肥，可以撒施、沟施或穴施。
3、沾根灌根：每亩使用1～2公斤的菌肥，压碎并兑水5～8倍稀释，然后沾附根部或直接兑水200-400倍稀释后灌注根部。在沾根时要注意不要冲洗掉附着在根系上的泥土。
4、混苗床土：每平方米苗床使用300-500克的金宝贝菌肥（压碎），与苗床土混匀后播种。
5、单施：对于已经施过化肥和腐熟有机肥的土壤，可以单独使用约2公斤的菌肥，可以进行沟施、穴施、灌根或冲施。
6、喷施：将金宝贝菌肥溶解于适量的水中，取上清液并过滤后，充分稀释再进行喷施，滤渣可以再次施于植物根部。
7、冲施：每亩可混合使用1～2公斤的菌肥与化肥，稀释适量的水后一起进行冲施。
8、果树施肥：每亩可以使用2～4公斤的菌肥与其他肥料混匀后进行穴施、环状沟施或放射状沟施。
9、花卉施肥：每公斤盆土可以使用10～15克的菌肥作为追肥或底肥。
以上是使用微生物菌肥的几种常见方法，这些方法在农业生产中都有广泛的应用。通过使用微生物菌肥，可以改善土壤的质量，并提升作物的产量和品质。此外，微生物菌肥还能够减少对化学肥料的依赖，降低农业对环境的负面影响，是一种可持续发展的农业模式。