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随着时代的发展，我国农产业也有了本质上的进步，以前主要施用的有机肥已是慢慢淘汰，近几十年来，主要施用化学肥料，但随着化肥的大量施用，造成了资源与能源的大量消耗和环境的严重污染，近几年来，随着"绿色农业"的兴起和发展，人们开始更多地关注生活的质量和自身的健康，重视农产品的品质，微生物肥料的生产和发展也越来越受到人们的重视。
微生物肥料是以微生物的生命活动导致农作物得到特定的肥料效应而使作物生长茁壮或产量增加的一类制品。与化学肥料、有机肥料一样，是农业生产中施用的肥料产品的一部分。微生物肥料也叫菌肥，其中含有活的微生物，这些微生物的活动能给农作物提供一定量的养分，促进作物生长，还可以减轻农作物的病害，提高化学肥料的利用率，从而提高产量，减少化肥、农药对农产品及土壤的污染。
微生物肥料主要具有以下作用：
1. 制造和协助农作物吸收营养。微生物肥料中的有益菌群能分泌植物促生物质和*，增强植物*能力，提高对土传病的生物控制作用，提高抗重茬病、抗枯萎病、黄萎病、根腐病、根结线虫病等病害的能力。固氮菌将空气中的氮转化为氨，磷钾菌把固定的磷和钾转化为可溶性的磷钾肥。微生物肥料与常用的化肥或有机肥配合使用，能提高肥料的利用率，增产增收效果显著。
2. 增进土壤肥力。微生物菌群能活化土壤，增加土壤肥力、促进土壤形成良好的团粒结构，增加土壤的通透性，促进根系发达，茎秆粗壮，叶片肥厚、夜色浓绿，且提高保肥、保墒能力。
3. 生根、壮根、养根。微生物肥料对根系有修补再生功能，使植株生长健壮、旺盛，为增产增收创造良好的基础。
4. 提高农产品品质并能提早成熟、提前上市。微生物菌肥可减少病虫害，降解土壤农药、化肥残留，减少硝酸盐的积累。同时，微生物肥料能够增加农产品蛋白质、糖分、维生素等含量，大幅度提高作物品质，使蔬菜瓜果色鲜味美、品质优良。微生物肥料的使用不仅能够活化土壤，还能控制病害发生以及养护根系，具备提供或活化养分、产生促进作物生长活性物质、促进有机物料腐熟、改善农产品品质和提高作物抗逆性的功能。
在目前的市场上，枯草芽孢杆菌、腐植酸、黄腐酸酸等微生物肥料产品在土壤环境治理方面效果较好。
总结起来，微生物肥料是一种可以改善土壤结构、提高农作物产量和品质的可持续农业引领者。不仅可以减少化学肥料和农药的使用量，还能够改善土壤肥力、增进作物吸收营养、控制病害发生以及提高作物抗逆性。在绿色农业的发展中，微生物肥料将会发挥越来越重要的作用，为实现可持续农业发展做出贡献。